11月10日，按照北京时辰，李根从今夏的转投中，加盟了新疆的篮球队，在开幕的比赛里，他在北京队的主场，承受了主场观众的强烈批评，比赛结束之后，他在走廊上，领取了往年的总冠军奖牌，这些情景，在周围引起了广泛的讨论。最近，李根和记者进行了深入的交谈，谈及了第一次面对过去的北京队时的感受，他坦言自己曾和这支队伍共同度过了许多时光，因此，在场上对她们球迷网，心里确实感到很为难。
2015-16赛季CBA联赛开幕的第一场比赛里，李根又穿上了1号球衣，只不过这次是在五棵松体育馆代表客队新疆队出战，不再是过去熟悉的球队。现场观众不再像以前那样亲切地喊他“根儿”，在他被换上场的时候，整个场馆响起了此起彼伏的嘘声。本场比赛李根以替补身份登场共36分钟，出手11次命中4球，最终得到13分外加2次助攻。从球场另一侧离场时，他心情十分复杂，既想拼尽全力，却感觉力量使不上来。我们一起经历太多，实在下不去手，做不到杀红眼。”李根说道。
新赛季的颁奖典礼在赛事启动前于北京主场举行，涉及上赛季的奖杯授予环节。夺冠成员李根并未获得邀请参与仪式，赛后才在通道处接到戒指。面对此情况，李根表现得十分平静，回应称“物品到手即可，是否受邀无关紧要”。当接过奖牌后，他直接前往北京队的专属更衣区域，尽管内心曾犹豫是否要推门而入，最终仍决定前往，或许是为了向某位教练表达谢意。”李根说道，最后他还是走了进去，与闵鹿蕾指导握手。
毕竟承受过诸多磨难，老马的负伤与复出，接着我们再次捧起总冠军奖杯，这些过程都十分宝贵。决定加入新疆队，关键因素是李秋平教练，我期待在球技更加精进之后，再为李秋平教练效力。
休赛阶段，对于李根转会去向的议论非常混乱。部分媒体指出李根选择新疆队是因为“金钱”因素，新疆方面提供了国内顶尖水准的丰厚报酬（大约一千万元），对此，李根回应称：“当时我听到这个数字都笑了，究竟是多少钱？消息从何而来，这笔钱到底由谁支付？”
李根是一位经验丰富的运动员，他的竞技水平并未受到外界事件的影响，在亚锦赛上李根发挥出色，协助中国男篮登顶亚洲篮球之巅，他本人也表达了参加2016年里约奥运会的愿望，并称期待次年继续入选国家队，前往里约进行拼搏。
